La profession de shinobi est traditionnellement héritée par la naissance. Pour devenir shinobi, il faut être né au sein d'une famille de shinobi. Bien entendu, il y a toujours l'exception qui confirme la règle et il peut arriver qu'une famille de shinobi adopte un enfant et l'élève comme le leur.
Enfance
La formation d'un jeune shinobi débute dès l'enfance et est traditionnellement du ressort de sa famille immédiate, même si les membres de la famille étendue peuvent y participer.
Dès l'enfance, le shinobi est conditionné à être toujours attentif vis à vis de son environnement. Sa perception est aiguisée par une série de jeux (tel que le cache-cache). L'enfant est peu à peu initié aux secrets du ryu à travers ces jeux et les histoires qu'on lui raconte.
A partir de six ans, l'enfant commence à jouer à des jeux mettant l'accent sur l'équilibre et l'agilité. Ces jeux impliquent de marcher sur des perches étroites, de courir sur des plans inclinés ou de bondir par dessus des arbustes ou des murets.
A l'âge de neuf ans, les apprentis shinobi sont initiés à des activités mettant l'accent sur la souplesse et la flexibilité. Ces exercices peuvent inclure sauts, roulades et étirements. Des entraînements pour améliorer l'équilibre et l'agilité sont toujours pratiqués.
Alors que l'enfant continue de grandir, il commence à pratiquer des entraînements de frappe avec les poings et les pieds d'abord sur des cibles de paille puis sur des cibles de plus en plus dures. Alors que sa technique s'améliore, il apprends les base du ninpo taijustu, la technique de combat à mains nues des shinobi. Il commence également à apprendre les bases du combat au bo et au katana.
Les exercices prennent peu à peu la forme de véritables entraînements et ressemblent de moins en moins à des jeux. Des leçons de morale sont donnéees tout au long des entraînements afin d'inculquer à l'enfant la philosophie shinobi.
Adolescence
Au début de l'adolescence, les jeunes shinobi sont initiés aux armes spéciales utilisées par leur ryu. Ils apprennent ainsi le shurikenjutsu, le maniement des armes à chaîne, la dissimulation de leurs armes ainsi que la natation.
Ils commencent aussi à étudier la nature afin de pouvoir collecter des informations sur leur environnement et de pouvoir se dissimuler. Un jeune shinobi peut passer des heures dans une caisse ou suspendu à un arbre pour développer son endurance et sa patience. Des exercices impliquant le déplacement silencieux, des courses de fond et des sauts sont également pratiqués afin de développer la force et l'endurance.
Jeune adulte
La psychologie et la comédie sont enseignées alors que le jeune shinobi approche de l'âge adulte. En examinant ses actions, ses émotions et ses réactions, il devient capable d'analyser le comportement des autres et capable de jouer sur les limitations et les faiblesses de ses adversaire pour les tromper et les vaincre.
Il reçoit également des leçons sur l'herboristerie et la médecine ainsi que sur les techniques d'escalade et d'infiltration. Le shinobi apprends également à dessiner de mémoire des cartes, des observations et même des visages.
Première mission
Quand il atteint l'âge de 15 ans (âge de la majorité), le jeune shinobi est placé sous la tutelle d'un genin qu'il accompagne pour sa première mission. Cette première mission consiste généralement en quelque chose de simple et de peu risqué, comme d'observer des mouvements de troupes ou surveiller les allées et venues dans une maison.
Cette première mission est également une sorte d'examen final pour l'apprenti shinobi et le genin peut très bien avoir préparé des surprises désagréables pour son filleul comme des pièges, des soldats ennemis ou d'autres shinobi.
Ces tests ne sont pas là pour éliminer les candidats inadaptés (même si les accidents ne sont pas rares) mais plutôt pour montrer au futur shinobi l'utilité de ce qu'il a pu apprendre depuis son enfance. Ce dernier doit en effet mettre en pratique l'enseignement théorique qu'il a reçu pendant plus de 10 ans et s'adapter rapidement au terrain.
La foi dans le ryu et la confiance en ses propres capacités sont des éléments qui se forgent lors de cette première mission. Des éléments qui seront vitaux pour la vie future du shinobi.