Si les shinobi suivent la foi bouddhiste, ils ont également, comme la majorité de leur concitoyens, des liens profonds avec le monde des kami. Ces liens sont en particulier avec Ame-no-uzume-no-kami, le gardien du monde naturel et la force tranquille qui équilibre la puissante compassion d'Amaterasu et la violence d'Onnotangu.
Certains shinobi pratiquent une forme archaïque de possession par les kami connue sous le nom de kugutsu (marionnette). Influencé par la foi bouddhiste, le kugutsu enseigne que toutes les choses vivantes sont, d'une manière ou d'une autre, les marionnettes de forces supérieures qui observent et façonnent le monde.
D'après le kugustu il est possible pour une personne vivant en harmonie avec la nature et avec elle-même de percevoir ces forces spirituelles et d'utiliser ce savoir. La divination, la possession par les esprits et l'invocation de puissances élémentaires sont des pouvoirs attribués aux adeptes du kugutsu qui sont parvenus à ne faire qu'un avec le monde. Il ne faut pas chercher très loin pour savoir pourquoi est-ce que les shinobi ont pu se sentir des affinités avec ce courant religieux.
Alors que la société impériale a toujours tenté d'imposer une certaine structure et un certain sens de l'ordre dans les pratiques religieuses, la religion des shinobi est moins stricte et plus personnelle.
Un shinobi sait que sa vie doit tendre vers une préparation parfaite afin qu'il puisse faire face à la fois aux demandes de ce monde et aux tâches spirituelles de la Roue Kharmique et c'est dans ce second but que s'inscrit la compréhension des forces qui dirigent l'univers.
Ainsi, aucun prêtre ne peut servir d'intermédiaire entre le shinobi et le monde, et c'est la raison pour laquelle chaque shinobi pratique sa foi seul.
Liens avec le bouddhisme et la secte Tendai
Du fait du rôle important joué par le bouddhisme ésotérique dans la création du ninjutsu, il n'est pas étonnant que les liens entre le ninpo et le bukkyo soient forts et solides. Tous les ninja sont bouddhistes, non par choix, mais parce que la philosophie du ninpo est directement issue du bouddhisme.
Au fond des grandes forêts ou dans certaines montagnes, certaines familles de shinobi cohabitent avec des temples bouddhistes, s'aidant les uns les autres dans une sorte d'accord de protection tacite. D'autres clans ont dédié leur existence à la protection de telle ou telle secte bouddhiste. D'autres encore reconnaissent un héritage commun mais traitent le clergé bouddhiste comme n'importe quel non-shinobi.